中国人民解放军第13军在不同历史时期隶属于不同的军区或行政区划管辖，具体如下：
西南军区和昆明军区
在解放初，第13军隶属于西南军区的管理，主要负责川、滇、黔等西南各省的治安和军事任务。
东北保安司令长官部
1946年，第13军参加热河战役，随后隶属于东北保安司令长官部，负责热河地区的守备和局部地区机动作战任务。
华北“剿总”
1948年5月，第13军改隶华北“剿总”指挥，参加了辽沈战役和北平和平解放前夕的作战行动。
中原野战军和豫西军区
1949年2月，第13军在河南省郾城县黄阁村组成，隶属于中原野战军第4兵团，辖第37师、第38师和第39师。
北京军区空军
1971年1月25日，中国人民解放军空军第十三军正式成立，隶属于北京军区空军建制，辖航空兵第十七师、雷达兵第三团、三十七团、地空导弹兵第十团等作战部队及战勤保障单位。
综上所述，第13军在不同时期分别隶属于西南军区、昆明军区、东北保安司令长官部、华北“剿总”、中原野战军、豫西军区和北京军区空军。
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